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Pocos días después, y a petición de la Agencia Española de Cooperación Internacional, parte hacia Filipinas una delegación de SAMUR Protección Civil. Este contingente forma parte de las actuaciones de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID) del Ministerio de Asuntos Exteriores para dar cobertura a las zonas más afectadas por el desastre. 

Compuesto por dos médicos, un cirujano general, un traumatólogo, 4 enfermeros y cuatro técnicos logísticos, llevaron 6.500 kilos de material sanitario, medicinas, puestos médicos avanzados, estructura logística, bebida, y alimentos para subsistir de forma autónoma. 

Establecidos en la ciudad de Taclobán apoyaron la precaria infraestructura sanitaria que había quedado en esa ciudad. En palabras de Fernando Prados, jefe del equipo, al llegar encontraron "un sitio absolutamente arrasado, el hospital no tenia agua ni luz ni prácticamente atención sanitaria".

Durante 15 días y junto a equipos de otras instituciones sanitarias españolas, los componentes de Samur Protección Civil realizaron alrededor de 1.600 asistencias a víctimas de la destrucción ocasionada por el tifón. Principalmente infecciones, fracturas, heridas abiertas, partos, gastroenteritis debidas a la falta de condiciones higiénicas y afecciones respiratorias causadas por la gran cantidad de polvo en suspensión. Además, durante los últimos días de la misión, se realizó una campaña de vacunación sobre 350 niños.

Una vez que la actividad del hospital se fue poco a poco normalizando, el SAMUR-Protección Civil colaboró en organizar un centro coordinador para gestionar el transporte sanitario entre los diversos hospitales operativos de la zona (Hospital Alemán, Belga, Coreano, Japonés y Australiano). Para ello, y con el fin de mejorar la coordinación de los trabajos de la misión, se montó una red de comunicaciones por radio VHF.

También organizó un equipo de transporte sanitario para el traslado de pacientes en ambulancia, improvisado con un vehículo tipo furgón y equipado con el material médico de una UVI móvil.